La Unidad Académica de Ciencias Químico Biológicas tiene sus antecedentes en la Escuela Normal Superior, de donde se separa y se crea la Escuela de Ciencias Químico Biológicas por acuerdo del H. Consejo Universitario el día 11 de febrero de 1963, la cual inicia su operación en el edificio docente. El nombre definitivo de Escuela de Ciencias Químico Biológicas lo adquiere el 2 de octubre de 1967.
La oferta educativa de la ECQB se inició en 1963 con 2 carreras: Físico Matemático y Químico Biólogo Parasitólogo. La carrera de Físico Matemático inició, pero en el segundo año, ya solo había un estudiante, el cual terminó sus estudios en la UNAM con la cual se estableció un convenio para tal efecto. La carrera de Químico Biólogo Parasitólogo inició con un plan de estudios de 4 años, cuya orientación era hacia los análisis clínicos y la formación de profesores de química y biología. En 1970 se llevó a cabo la primera modificación al plan de estudios cuya duración incrementó a 5 años. La segunda modificación se aprobó el 13 de julio de 1973 manteniendo una duración de 5 años, con orientación hacia las ciencias biológicas y biomédicas e incluyendo asignaturas del área humanística por mandato del H. Consejo Universitario. En 1974 la ECQB se trasladó al edificio que actualmente es el edificio “A” y los laboratorios se equiparon con instrumentos modernos para esa época. El 20 de mayo de 1974 se creó la Maestría en Biología, lo que dio lugar a que se cambiara el nombre a Facultad de Ciencias Químico Biológicas (FCQB), en 1977 se registró en la Dirección General de Profesiones, pero no hubo egresados y suspendió sus actividades.
En 1979 se creó la Carrera de Biología con una duración de 4.5 años. En 1983 se realizó una reestructuración global de los planes de estudio de la FCQB y en septiembre de 1984 inició su aplicación ofreciéndose las carreras de Químico Biólogo Parasitólogo (QBP) y de Biólogo, con una duración de 5 años, un tronco común de 2 años y un modelo educativo que incluía módulos de integración y aplicación en 3º y 5º año en ambas carreras.
En septiembre de 1989 se reinician los estudios de posgrado con la Especialidad en Química Clínica, programa aprobado el 18 de marzo de 1990 por el H. Consejo Universitario y registrado en la Dirección General de Profesiones el 4 de junio de 1991.
En 1999 el programa de QBP se reestructura por cuarta vez y el de Biología por tercera vez. Su reestructuración se aprobó el 22 de octubre de 1999. El programa de QBP se enfoca hacia las ciencias del laboratorio clínico y las ciencias biomédicas, y el programa de Biología se orienta hacia la conservación y manejo de los recursos naturales y la agrobiología. En ambos programas, en su fase terminal, la investigación es un componente central, por primera vez se cursan materias optativas incluyendo estancias de investigación; inglés, computación, las prácticas profesionales y el servicio social son requisitos para la titulación pero no son curriculares.
En el año 2001, con la nueva ley de la Universidad Autónoma de Guerrero, las escuelas y facultades cambian su nombre a unidades académicas, por lo que en 2002 la FCQB cambia su nombre a Unidad Académica de Ciencias Químico Biológicas (UACQB).
La evaluación de los Comités Interinstitucionales para la Evaluación de la Educación Superior (CIEES) en 2005 coloca a los programas de QBP y Biología en el nivel 1. En ambos programas se recomienda la actualización del plan de estudios.
En septiembre de 2001 inicia la Maestría en Ciencias Biomédicas, en 2004 ingresa al Programa Integral de Fortalecimiento del Posgrado (PIFOP) y el 2006 ingresa al Padrón Nacional de Posgrado en la categoría de alto nivel, después llamado consolidado en la nueva nomenclatura del CONACYT. El 10 de marzo de 2009 el H. Consejo Universitario aprueba la actualización de su plan de estudios, la cual se aplica en agosto del mismo año.
El 10 de marzo de 2009 el H. Consejo Universitario también aprueba la creación del Doctorado en Ciencias Biomédicas, el cual inicia su operación en febrero de 2010.
En diciembre de 2009 se aprueba la quinta reestructuración del plan de estudios de QBP, el cual inicia su operación en agosto de 2010. En 2012 se actualiza nuevamente el plan de estudios de acuerdo al modelo educativo de la Universidad. Es un plan flexible, se basa en el desarrollo de competencias, con una educación centrada en el estudiante, de estructura trimestral, de 4 años de duración y con 3 salidas terminales: Químico Clínico, Salud Ambiental y Biotecnología.
El programa educativo de Biología actualizó su plan de estudios en 2012 de acuerdo al modelo educativo de la Universidad.